ZooScan的学习by WuBin 武斌

用于图像分析的ZooScan的学习。

# 关于ZooScan的学习

使用前提：必须有已经采集好的样本，主要在实验室中。

ZooScan

浮游生命扫描仪，为已经保存的浮游生物样本创造高精度的数字记录。

结合扫描传感器，光学系统和防水扫描室，可以将浮游动物样品置于其中，在高分辨率下数字化，通过专门的软件进行识别、计数和测定。

ZooScan有效推动了浮游生物分类学与生态学研究的发展，为大尺度、长时间序列的浮游生物分类学、生态学和生物多样性研究提供了一种新的手段。

它的主页为www.zooscan.com

利用PkID建立浮游动物图像培训数据库，并验证其分类性能，性能得到认可后可以利用已形成的图像培训数据库对浮游动物样品的扫描文件进行自动分类与识别，提取不同类群浮游动物丰度、体积、粒级等数据。

ZooProcess

专门针对ZooScan开发的软件系统，它结合图像分类和识别软件PkID使用，有7种自动识别算法可供算泽，能对浮游生物样品进行快速地自动识别与定量分析。ZooProcess的自动识别性能与人工分类的性能相当。

生物量：湿重，干重，以mg/(m^2)或者mg/(m^3)表示。 以及碳、氮含量的测定是定量研究浮游生物网的物质和能量传递的必须环节。

ZooScan系统简介

系统由ZooScan、ZooProcess和PkID等共同组成，ZooScan是硬件部分，主要进行浮游动物样品扫描，形成数字图像。ZooProcess和PkID是软件部分，分别以标准化的程序处理原始图像，对不同个体的形态参数进行自动测量和对图像中的浮游动物进行自动分类和技术。

工作流程：

1. 扫描空白背景，扫描前扫描一次空白作为图片背景。
2. 扫描样品，获得原始图片和元数据信息；扫描高分辨率的原始图片，同时生成带有网型、采样深度和采样倍数等相关信息的文件。
3. 通过ZooProcess软件，标准化原始图片，提取并测量图片中不同个体的形态参数。
4. 通过PkID软件建立与图像培训数据库进行性能验证
5. 针对已经扫描的样品图像，进行浮游动物的自动识别，获得不同类群浮游动物的数量。
6. 形态学参数的提取与分析，课进一步获得样品的粒径组成、生物学体积等信息。